O município de Maracajá é cortado pela rodovia federal BR-101 e pela rodovia estadual SC-446. As estradas que ligam o centro de Maracajá à área rural são: BR-101, MAR-152, MAR-250, MAR-353, MAR-351, MAR-355 e MAR-350, sendo que as mesmas não são pavimentadas (com exceção da BR-101). Já as vias localizadas no perímetro urbano são pavimentadas.
Maracajá conta com o transporte intermunicipal que é atendido por empresa privada. O deslocamento interno no município é realizado por meio das linhas intermunicipais disponíveis e com o transporte escolar.
Como o município não tem terminal rodoviário, o embarque e desembarque são efetuados em um abrigo na Praça Central do município ou em trânsito, no caso de deslocamento dentro do município. A cidade não possui sistema aeroviário, hidroviário ou marítimo, nem ferroviário.
A obra de pavimentação asfáltica da Rodovia Jacob Westrup, (SC-446), que liga Forquilhinha à BR-101, em Maracajá, já é realidade. A pavimentação da rodovia irá favorecer o crescimento de Maracajá, pois a cidade terá mais uma via de ligação.
Às margens da rodovia moram aproximadamente 2.900 pessoas que serão beneficiadas com a pavimentação. Além do tráfego intenso, a via é utilizada para escoamento da produção agrícola. A pavimentação asfáltica vai de Maracajá no sentido sul ao município de Araranguá partindo da BR-101, passando também pelas comunidades de São Cristóvão e Encruzo em Maracajá e Barro Vermelho em Araranguá.
A pavimentação da Serra da Rocinha, que liga Santa Catarina ao Rio Grande do Sul, também irá favorecer Maracajá. A produção do estado gaúcho e do sul catarinense vai ser escoada no Porto de Imbituba e no Aeroporto de Jaguaruna, o que irá contribuir para o desenvolvimento de toda a região.