Pertence à Região Hidrográfica do Extremo Sul Catarinense – RH 10, que é formada pelas Bacias Hidrográficas dos rios Araranguá, Urussanga e Mampituba.
Dentre estas bacias, o município insere-se na bacia do Rio Araranguá, sendo composto por quatro microbacias, que são: Rio do Cedro, Rio dos Porcos, Rio Araranguá e Rio Mãe Luzia. O principal rio de Maracajá é o Rio Mãe Luzia.